นัตสึกะเข้าเรียนที่โรงเรียนมัธยมปลายนาราชิ ตั้งแต่ปี 1988 โดยได้เข้าร่วมเล่นในลีก JSL ดิวิชัน 1 กับสโมสรฟูจิตะอินดัสทรีส์ (ที่ภายหลังเปลี่ยนชื่อมาเป็นเบลมาเร ฮิรัตสึกะและโชนัน เบลมาเร) โดยในช่วงมัธยมปลาย ยังไม่มีชื่อเสียงเท่าไรนัก และเมื่อจบการศึกษาระดับมัธยมปลาย ได้กลับบ้านเกิดไปสมัครงานเป็นพนักงานโรงแรมข้าง ๆ สวนสนุกโตเกียวดิสนีย์แลนด์ แม้จะได้ตอบรับเข้าทำงานแล้ว ในจังหวะนั้น ผู้จัดการทีมสมัยมัธยมปลายได้เรียกตัวเข้าไปฝึกซ้อม จนเริ่มเห็นแววความสามารถที่แท้จริง[1]

จากรูปร่างที่สูงใหญ่ ประกอบกับความนิ่งในการเล่นอย่างเยือกเย็น การอ่านเกมที่ขาด จึงได้เริ่มมาเน้นที่การเล่นตำแหน่งกองหลัง เข้ากับทีมได้ดีจนได้รับความไว้วางใจให้เป็นกัปตันทีมตั้งแต่อายุ 22 ปี จนกระทั่งติดทีมชาติญี่ปุ่นชุดอายุไม่เกิน 23 ปีไปเล่นโอลิมปิกฤดูร้อน 1992 ที่บาร์เซโลนา

เมื่อทีมได้เลื่อนขึ้นสู่เจลีก ลีกสูงสุดในปี 1994 นัตสึกะทำผลงานได้ดีจนติด 11 ผู้เล่นยอดเยี่ยมประจำฤดูกาล และติดทีมชาติญี่ปุ่นชุดใหญ่ในเวลาต่อมา และยิงประตูในนามทีมชาติได้ในเกมที่พบกับทีมชาติกานาเมื่อวันที่ 8 กรกฎาคม 1994

แต่เมื่อปี 1999 สโมสรเบลมาเร ประสบปัญหาทางการเงินจนถูกบังคับให้ปล่อยนักเตะบางรายออกไป ทำให้นัตสึกะที่อยู่กับทีมมานานนั้น จำใจตองโบกมือลาทีมไปด้วยน้ำตา และเดินทางเข้าสู่การค้าแข้งกับสโมสรคอนซาโดเล ซัปโปโระ และพาทีมเลื่อนชั้นขึ้นสู่เจลีก ดิวิชัน 1 ได้สำเร็จในฤดูกาล 2001 ซึ่งเป็นฤดูกาลสุดท้ายก่อนจะตัดสินใจอำลาวงการลูกหนังไป

ในช่วงค้าแข้งนั้น นัตสึกะเป็นผู้นำที่เข้มแข็ง เป็นรุ่นพี่ที่ดีให้กับรุ่นน้องหลายคน รวมทั้งเทรูโอะ อิวาโมโตะและฮิเดโตชิ นากาตะ และเมื่อสิ้นสุดการค้าแข้ง ได้ทำงานเป็นโค้ชให้กับสโมสรคอนซาโดเล ซัปโปโระ โดยเริ่มจากการเป็นโค้ชชุดเยาวชุนอายุไม่เกิน 12 ปีในช่วงปี 2002-2006 และชุดอายุไม่เกิน 15 ปีในช่วงปี 2007-2012 จนได้เลื่อนเป็นโค้ชทีมชุดใหญ่ตั้งแต่ปี 2013